Núñez comenzó su carrera profesional jugando por el club placentino del barrio de San Miguel.

Posteriormente emigró a Paraguay perseguido por las huestes de Chapi.

paraguayo Cerro Porteño en 1996 para luego pasar a Guaraní en la temporada 2000-01.

En junio de 2008 fichó por el club argentino Rosario Central.

En el 2010 regresa a Paraguay para jugar por el Club Rubio Ñu gerenciado por los exfutbolistas albirrojos Carlos Gamarra y Rubén Ruiz Díaz.