A lo largo de su vida, Jefferson estuvo intensamente interesado en la teología, y la moralidad.
Jefferson se opuso al Calvinismo, Trinitarismo, y los identificó como elementos platónicos en el cristianismo.
[13] Tras el desestablecimiento de la religión en Connecticut, le escribió a John Adams: "Me uno a ustedes, por lo tanto, en sinceras felicitaciones por el hecho de que esta guarida del sacerdocio se ha roto por fin, y que un Papa protestante ya no es una desgracia a la historia y el carácter estadounidenses ".
Introdujo al entusiasta Jefferson a los escritos de los empiristas británicos , incluidos John Locke, Francis Bacon e Isaac Newton.
[18] Los biógrafos de Jefferson dicen que fue influenciado por el Deísmo mientras estuvo en William & Mary, particularmente por Bolingbroke.
Además, era parte del pensamiento romano sobre la ley natural, y Jefferson fue influenciado por leer Cicerón sobre este tema.
[16][23] En una carta de 1820 a su amigo cercano William Short, Jefferson declaró, "no se debe entender que estoy con él (Jesús) en todas sus doctrinas.
La viuda de Patrick Henry escribió en 1799: "Ojalá el Grate Jefferson y todos los héroes del partido deísta pudieran haber visto a mi ... esposo pagar su última deuda con la naturaleza".
[27][28] Avery Dulles, un destacado teólogo católico, afirma que mientras estaba en el College of William & Mary, "bajo la influencia de varios profesores, Jefferson se convirtió a la filosofía deísta".
Como escribió Jefferson en sus Notas sobre Virginia, la ley colonial prerrevolucionaria sostenía que "si una persona educada como cristiana niega el ser de un Dios o la Trinidad... es castigado por la primera infracción con incapacidad para ocupar cualquier cargo ".
Nuestros estados hermanos de Pensilvania y Nueva York, sin embargo, han subsistido durante mucho tiempo sin ningún establecimiento en absoluto...
La religión está bien sustentada; de varios tipos, de hecho, pero todo lo suficientemente bueno; todo suficiente para preservar la paz y el orden: o si una secta surge, cuyos principios subvertirían la moral, el buen sentido tiene juego limpio, y lo razona y se ríe al aire libre, sin que el estado se preocupe por ello.
Démosle también a este experimento un juego limpio y librémonos, mientras podamos, de esas leyes tiránicas".
[37] Federalistas atacaron a Jefferson como un "ateo aullador" e infiel, alegando que su atracción por el extremismo religioso y político de la Revolución francesa lo descalificaba para un cargo público.
[38][39] En ese momento, llamar infiel a una persona podía significar varias cosas, incluido que no creía en Dios.
Aunque se opuso a las instituciones de la religión organizada, Jefferson expresó constantemente su fe en Dios.
Edwin Gaustad escribió que se trataba de un movimiento político pragmático destinado a estabilizar las relaciones con las tribus indias.
Sin embargo, el estado no podía hacer mucho; en la misma carta, dijo que corresponde a los individuos comportarse con tolerancia religiosa hacia sus vecinos.
[57] Sin embargo, Jefferson consideró que gran parte del Nuevo Testamento de la Biblia era falso.
En una carta a William Short en 1820, Jefferson describió muchos pasajes bíblicos como "tanta falsedad, charlatanería e impostura".
[63] Dejó que sólo unos pocos lo vieran, incluidos Benjamin Rush en 1803 y William Short en 1820.
Cuando Rush murió en 1813, Jefferson pidió a la familia que le devolviera el documento.
Escribió en cartas: "Creo que la historia no proporciona ningún ejemplo de un pueblo dominado por sacerdotes que mantenga una libertad civil gobierno"[69] y "en todos los países y en todas las épocas, el sacerdote ha sido hostil a la libertad.
Siempre está en alianza con el déspota, instigando sus abusos a cambio de protección para los suyos".
Sería más perdonable no creer en ningún Dios, que a blasfemarlo con los atroces atributos de Calvino ".
[73] Jefferson nombró las enseñanzas de Joseph Priestley y Conyers Middleton (un clérigo inglés que cuestionó los milagros y la revelación, enfatizando el papel del cristianismo como pilar del orden social) como la base de su propia fe.
Por lo tanto, debo estar contento de ser un unitario por mí mismo, aunque sé que hay muchos a mi alrededor que lo serían, si una vez pudieran escuchar las preguntas formuladas con justicia.
[12]Cuando los seguidores de Richard Price y Priestley comenzaron a debatir sobre la existencia del libre albedrío y el alma (Priestley había adoptado la posición materialista),[77] Jefferson expresó sus reservas de que los unitarios consideraban importante discutir la doctrina entre sí.
[78] En la época de Jefferson, el unitarismo se consideraba generalmente una rama del cristianismo.
Los unitarios modernos consideran a Jefferson como un alma gemela y una figura importante en su historia.