En el año 2006, varios documentos emergieron y en estos se detallaban que había una presencia estimada de entre mil setecientos muyahidínes extranjeros, principalmente provenientes de naciones árabes.
Cientos afirmaron que fueron provistos de pasaportes bosnios para sus viajes posteriores.
Los serbios querían el dominio sobre todas las poblaciones donde habitaran sus conciudadanos, lo que son las zonas este y oeste de Bosnia.
Los bosnios, creyentes musulmanes, se consideraban como un blanco fácil, a causa de que las fuerzas armadas bosnias no estaban adecuadamente equipadas para una guerra como ésta.
Hombres y mujeres eran separados, a los detenidos en dichos campos se les castigaba y/o torturaba severamente, e incluso eran asesinados.
Por tal razón, el tribunal TPIY ha usado el vocablo «muyahidín» (el cual ellos pronuncian como muiajedín) para diferenciar a los combatientes extranjeros provenientes de países árabes, pero a su vez en los casos donde se veían involucrados musulmanes locales (como en el caso de los bosniacos) que se unieron a las unidades muyahidín.
[12] Estos grupos atrajeron rápidamente el criticismo de los propios bosniacos, quienes aclamaban que su presencia era una clara evidencia de la violencia y extremismo del fanatismo islámico en Europa.
[1][13] La efectividad militar de los combatientes muyahidín está aún en disputas por los expertos.
En el año 2001, Holbrooke llamó el regreso de los muyahidines como "un pacto con el demonio", del cual Bosnia está aún recuperándose.
Al tiempo que el presidente de Bosnia Alija Izetbegović les consideró por su valor simbólico como un signo de la solidaridad del mundo árabe y el apoyo a su justa causa y a Bosnia, y finalmente les apreciaría por el escaso pero significativo valor y su aporte en lo militar, pero fueron una mínima diferencia, aparte que causarían, al contrario de lo esperado, un grave problema político de responsabilidad militar; dada la obligatoriedad de la responsabilidad bosnia en los hechos posteriormente conocidos y cometidos por estos combatientes.
[15] Se pretendía que el batallón "El Mudžahid" fuera aprovisionado y sostenido por el ejército regular de Bosnia y Herzegovina (ARBiH), pero se sabe que incluso habrían operado como unidades de élite por separado.
Éste testimonio fue escuchado por la cámara de procesos y, en principio, los documentos presentados como evidencia demostraban que las ARBiH mantuvieron una muy cercana relación con los combatientes muyahidines extranjeros tan pronto como estos arribaran en Bosnia central para 1992.
El único proceso en el que se dictaminó alguna clase de responsabilidad contra alguno de los combatientes extranjeros sería por el caso del activista neo-Nazi sueco Jackie Arklov, quien combatió para el Ejército de Croacia (y quien primero sería capturado y sentenciado por una corte Bosnia, posteriormente sería procesado por una corte judicial sueca).
Tras la toma de Prijedor por las fuerzas serbias en 1992, Radio Prijedor propagó ideales e informativos con noticias nacionalistas pro-serbias, caracterizadas principalmente por los prominentes adjetivos contra los "no-serbios", al clasificarlos como criminales y extremistas; los cuales debían ser castigados.
Un ejemplo de dicha propaganda sería el locuaz y degradante lenguaje usado para referirse a los no-serbios como "Mujahedin", "Ustaše" o "Boinas Verdes", al tiempo que eran comunes las llegadas de combatientes extranjeros voluntarios en Bosnia y Herzegovina.
Durante las negociaciones del cese de hostilidades en las instalaciones del Britbat en Gornji Vakuf, el Coronel Andrić, representante de las HVO, demandó que las fuerzas Bosnias depusieran sus armas y que se rindieran y aceptaran el control de las HVO sobre el poblado, amenazándolos conque "si no se rendían y accedían a el trato, reducirían a escombros a Gornji Vakuf".
[14][24] En septiembre del 2007, 50 de esos individuos ya no tenían su ciudadanía, pues les había sido revocada.
Tanto Amir Kubura como Enver Hadžihasanović (los oficiales bosnios sindicados de ciertos hechos) fueron encontrados inocentes en todas las acusaciones relacionadas con los incidentes en donde estuvieron involucrados combatientes muyahidín.
Los 200 pobladores que fueron escoltados hasta Mehurici por la 306.ª Brigada de la policía militar fueron interceptados por los muyahidínes en Poljanice.
[29] De acuerdo a varios reportes emanados de "Radio Free Europe" y su investigación que decían bajo el título "Al-Qaeda en Bosnia-Herzegovina: Mito o un Peligro presente", Bosnia no estaría más expuesta y/o relacionada al terrorismo extremista islámico que otra nación en Europa.
La prensa serbo-bosnia y serbia en sus presentaciones regularmente malversan los reportes, y la información emitida es generalizada en el punto de sugerir que en Bosnia-Herzegovina hay una significativa amenaza a la seguridad etno-nacional a causa de su cercanía con países que admiten extranjeros de procedencia islámica y quienes presuntamente serían terroristas.
El fenómeno terrorista en Bosnia-Herzegovina no estaría más desarrollado que en otros lados, y el riesgo por un posible ataque terrorista no es tan alto como en otras partes del mundo.