En las cuatro décadas siguientes Izetbegović pasó por la cárcel en tres ocasiones más: en 1951, cuando fue condenado a tres años por desarrollar "actividades subversivas"; en 1972, por su autoría del opúsculo "Declaración Islámica"; y, en 1983, cuando recibió una pena de 14 años de cárcel, acusado esta vez de desarrollar "actividades panislámicas".

Exhorta a la toma del poder por los militantes musulmanes allá donde sean «moral y numéricamente superiores» con el objeto de «destruir el poder no islámico» existente y construir un «poder islámico».

Tras los acuerdos, diversas instituciones serbias solicitaron en dos ocasiones al Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia (TPIY) el procesamiento de Izetbegović por crímenes de guerra y otros cargos.

[6]​ Esto propició una investigación por parte del TPIY, pero se interrumpió en 2003, debido a su fallecimiento.

En ese entonces, una investigación llevada por el TPIY estaba en curso, no pudiendo llegar a emitir una sentencia definitiva.

Debido a las objeciones presentadas por los políticos de la República Srpska, la comunidad internacional y el británico Paddy Ashdown, ninguna de las iniciativas se llegaron a cumplir.