Kubura inició su carrera militar como oficial en el Ejército Popular Yugoslavo (JNA), donde sirvió durante cinco años y alcanzó el rango de capitán.
[4] Durante este periodo, bajo su mando, se registró la llegada de un número significativo de muyahidines extranjeros provenientes de las naciones islámicas, quienes se unieron a las fuerzas bosnios musumanes en el conflicto.
Estos combates se concentraron en las municipalidades de Kakanj, Travnik y en Zenica.
[1] También se reportaron ataques contra poblados habitados por Serbo-bosnios.
[11] La defensa, liderada por su abogado Rodney Dixon, argumentó que Kubura no tenía responsabilidad directa como comandante, ya que su designación oficial como comandante iniciaría el 6 de agosto de 1993, después de que la mayoría de los crímenes imputados ya se habían cometido.
[4] Dixon dijo que "no había mucho que decir del caso contra Amir Kubura", y que los argumentos de la fiscalía acerca del control y mando efectivo de Kubura en su unidad, la 7.ª Brigada de Montaña Musulmana y sobre los muyahidines extranjeros se "basaban en especulaciones".
[11] pero el tribunal determinó que tenía "responsabilidad criminal superior".