No obstante, hacia el final de 1992 las tensiones entre bosnios y croatas se vieron incrementadas.

Los primeros incidentes armados entre estas dos comunidades étnicas tuvieron lugar en octubre de 1992 en Bosnia central.

Su alianza militar se mantuvo hasta comienzos de 1993 cuando su cooperación cesó y los dos antiguos aliados comenzaron un conflicto abierto entre ellos.

La guerra croata-bosnia escaló en Bosnia central y pronto se extendió a Herzegovina, teniendo lugar la mayor parte de la lucha en esas dos regiones.

Numerosos planes de paz se propusieron por la comunidad internacional durante esta guerra, pero todos ellos fracasaron.

[5]​ Dos oficiales del ARBiH también fueron condenados por crímenes de guerra cometidos durante el conflicto.

En la región del río Neretva se han datado un total de 6.717 muertes, dónde un 54% eran bosnios, 24% serbios y un 21% croatas.

Se cree que la cantidad de muertos totalizados en dichas regiones podrían devenir de las bajas atribuibles al citado conflicto, pero no es posible afirmar con total certeza que se produjeran durante la guerra croata-bosnia.

En las postrimerías del año 1991, la parte más radical del citado partido, bajo el liderazgo de Mate Boban, Dario Kordić, Jadranko Prlić, Ignac Koštroman y otros líderes locales como Anto Valenta,[8]​ los cuales contarían con el apoyo de Franjo Tuđman y de Gojko Šušak, tomarían el control efectivo del recientemente creado partido político en Bosnia.

[cita requerida] Este documento sería firmado por Mate Boban, Vladimir Šoljić, Božo Raić, Ivan Bender, Pero Marković, Dario Kordić y otras personalidades.

[11]​ Ya en enero del año 1992, Tuđman acordó con Stjepan Kljuić, presidente de la rama Bosnia del HDZ para favorecer la cooperación entre los bosnio-croatas y los bosnios para la creación de un estado unificado, para ser luego liderado y reemplazado por Mate Boban, quien era favorable a que Croacia se anexionara las partes habitadas de Bosnia y Herzegovina por croatas a Croacia.

[19]​ Esto se hizo sobre la base de supuestos rumores de un inminente asesinato, en donde el gobierno Bosnio, que hizo un asalto por medio de sus fuerzas en el país; y en donde clamaba que sus comandos habían matado a seis militares croatas, los cuales habían incinerado varias residencias bosnias en Stup.

Los Bosnios declararían posteriormente que los comandantes croatas habían hecho unos acuerdos con comandantes serbios que les permitieron a los residentes civiles serbios y croatas el ser evacuados, y en algunos casos solicitaban un rescate por ellos, pero no así para los civiles bosnios.

[20]​ A finales del mes, Tuđman e Izetbegović se reunieron para discutir un posible establecimiento de un acuerdo y coordinación militar contra las fuerzas serbo-bosnias.

[16]​ En octubre, la situación se tornó más seria; cuando las fuerzas croatas atacaron blancos civiles bosnios en Prozor quemando sus casas y asesinando a sus moradores, por estar en el lugar equivocado.

[23]​ Luego, los croatas atacaron a las tropas bosnias y a los civiles bosnios dispersados en las zonas del norte, oeste y sur de Sarajevo al día siguiente.

Desde un altavoz se pedía de manera forma a los combatientes bosniacos su rendición.

[cita requerida] Esta es considerada como la más grande masacres cometidas durante este conflicto entre croatas y los bosnios musulmanes.

[cita requerida] El Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia (TPIY) ha sentenciado en varios de sus fallos que esos crímenes podían configurarse como crímenes contra la humanidad en numerosos de sus veredictos contra los líderes políticos y militares, así como contra los soldados croatas, siendo el caso más notable el de Dario Kordić.

Para el Ejército Bosnio era una puerta de acceso al altiplano de Risovac, el cual les permitiría crear las condiciones para avances progresivos posteriores si se intentaban tomar posiciones en las costas del Mar Adriático.

Así, el HVO llegó a controlar todas las vías de acceso al aeropuerto internacional situado en Mostar y a las organizaciones internacionales les fue negado su acceso.

El ataque de las HVO así mostró que fue un hecho "preconcebido y extensamente preparado".

En defensa del citado convoy se había desplegado una unidad inglesa que disparó matando a dos soldados de las HVO.

Los hombres sobrevivientes fueron llevados luego en camiones, y posteriormente serían encerrados en las barracas de Kiseljak.

[56]​[55]​ El 22 de octubre de 1993, Izetbegović respondió que en la carta se condenó estos acto violentos y asegura que las respectivas investigaciones ya se habrían iniciado.

Estos a su vez son conocidos como los Acuerdos de Washington.

Kubura sería posteriormente sentenciado a dos años y medio en prisión.

[60]​ El presidente de Croacia, Ivo Josipović hizo posteriormente una visita oficial a Bosnia en abril del 2010, durante dicha visita expresó una "profunda vergüenza" por la negativa contribución hecha por su país Croacia a las "centenares de víctimas de los combates y los habitantes y sus efectos negativos, así como a la posterior división étnica y cultural" que hasta la fecha persiste en la actual Bosnia y Herzegovina.

[61]​ Los líderes croatas (Jadranko Prlić, Bruno Stojić, Slobodan Praljak, Milivoj Petković, Valentin Ćorić y Berislav Pušić) fueron después dispuestos a ser enjuiciados por el ICTY en primera instancia, para el proceso por el cual luego serían condenados a más de 111 años de prisión el 29 de mayo del 2013.

[62]​ Dario Kordić, un reputado líder político de los croatas en Bosnia Central sería convicto por atentar contra varios cargos de lesa humanidad en la citada región, en los que se incluyen varios por limpieza étnica, por los cuales fue sentenciado a 25 años en prisión.