Tras la guerra, al igual que otros dirigentes de la entidad, fue acusado por el Tribunal Penal Internacional para la antigua Yugoslavia de diversos cargos como crímenes contra la humanidad, siendo condenado en 2013 a 20 años de cárcel.

En abril de 2004, el Tribunal Penal Internacional para la antigua Yugoslavia emitió una orden de arresto contra Bruno Stojić, Jadranko Prlić, Slobodan Praljak, Milivoj Petković, Valentin Ćorić y Berislav Pušić por su actuación durante la guerra de Bosnia, con cargos entre los que se encontraban los delitos de crímenes contra la humanidad, deportación o tratos inhumanos.

[3]​ Los seis acusados comparecieron ante el TPIY el 6 de abril siguiente,[2]​ Stojić se declaró inocente de todos los cargos imputados.

[3]​ La acusación formal del Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia estableció que su área de autoridad y responsabilidad incluía diversas responsabilidades en la cadena de mando del HVO, y concluyó que Stojić tenía la capacidad y la autoridad para emitir órdenes de organización, estratégicas y de combate en el sistema penitenciario de la fuerza militar.

Stojić fue condenado a 20 años de prisión.