Mihdhar nació en Arabia Saudita y peleó como muyahid en la Guerra de Bosnia durante los años 1990.

En las primeras semanas después del atentado, algunos informes sugirieron que Mihdhar y algunos de los otros secuestradores estaban vivos; pero, investigaciones posteriores encontraron que estos informes se basaron en identificaciones erróneas ocasionadas por los nombres árabes comunes.

Khalid al-Mihdhar nació en mayo de 1975 en La Meca, Arabia Saudita, en una familia prominente relacionada con la tribu Quraysh.

[6]​ aunque no existe certidumbre de que haya ido efectivamente a Chechenia.

[5]​ Por medio del matrimonio, Mihdhar estaba relacionado con varios individuos involucrados de alguna manera con al-Qaeda.