En 1283, le fue concedida la autorización para construir un monasterio dedicado a Santa Clara y a Santa Isabel da Hungría, cuya construcción se inició el 28 de abril de 1286, cerca del monasterio franciscano que anteriormente se había fundado (1247), en la orilla izquierda del río Mondego.

En 1302, con el fallecimiento de Mor Dias, donó sus bienes e ingresos al nuevo monasterio.

Desde 1307, la reina Isabel se interesó por el monasterio y actuó como mediadora en el conflicto, al que logró poner fin en 1319.

En 1316, comenzó la segunda fase de construcción, siendo financiada por la reina, que le incluyó un hospital para unos treinta pobres, junto al monasterio y que fue terminado en 1333, así como el palacio donde se retiró cuando enviudó en 1325.

Estêvão Domingues cubrió la nave central con una bóveda de cañón, sostenida por grandes arcos.

La primera inundación ocurrió en 1331, pocos años después de la consagración del monasterio.

La solución que se encontró durante varios siglos consistió en el alzado sucesivo de la planta baja del monasterio hasta que, en el siglo XVII las religiosas se vieron obligadas a construir un piso superior a lo largo del monasterio y a desocupar el inferior, lo que sucedió de igual forma en las demás dependencias del monasterio.

Aun así, el conjunto continuó siendo víctima de las aguas del río Mondego.

En 2001 se lanzó un concurso internacional para la recuperación del monumento, ganado por el «Atelier 15», proyecto a cargo de los arquitectos Alexandre Alves Costa, Luís Urbano y Sérgio Fernandez.

El monasterio acogió, durante mucho tiempo, a las monjas clarisas, que vivían en clausura.