El gran claustro, construido por el ingeniero y arquitecto húngaro Carlos Mardel, fue financiado por el rey Juan V de Portugal, en 1733.

Esta escuela tuvo su sede en el monasterio hasta la proclamación de la República, en 1910.

En 1911, a petición del Ministerio de la Guerra, la casa de huéspedes y, más tarde, los dos coros y los claustros se arrendaron al ejército portugués.

En 2006, estos espacios fueron devueltos a la Cofradía de la reina Isabel.

La tumba original, tallada por el Maestro Pero a partir de una única piedra, fue encargada por la propia reina Isabel.