Poco antes de su muerte en 1303, se supone que Daniel tomó votos monásticos y fue enterrado allí.

En 1591, cuando los ejércitos del Kan de Crimea, Kaza Giray, se acercaron a Moscú, los terrenos fueron fortificados y utilizados como campamento móvil.

En 1606, los rebeldes liderados por Iván Bolótnikov e Ístoma Páshkov chocaron con el ejército de Basilio IV no lejos del monasterio.

A principios del siglo XVII estaba rodeado por un muro de ladrillo con siete torres.

Entre los monjes que vivieron en el Monasterio de Danílov se encuentra el renombrado erudito griego Nikephoros Theotokis, quien se retiró a de su cargo como obispo a este monasterio en 1792, y vivió aquí hasta su muerte en 1800.

A fines del siglo XIX, el monasterio ya poseía 178 desyatinas y algunos edificios en Moscú.

El templo inferior fue construido durante el reinado del Zar Alejo I como iglesia dedicada a la fiesta de la Intercesión.

Cuando el monasterio cerró en 1929 y 1930, sus campanas se salvaron de ser fundidas por los comunistas gracias a la compra por parte del industrial estadounidense, Charles R. Crane .