En el club, Borja no tuvo el desempeño deseado, disputando cinco partidos, uno solo como titular.
[4] Para tener continuidad, fue transferido al Cortuluá donde logró consolidarse como un delantero rápido y goleador, destacándose notablemente en el torneo de ascenso Categoría Primera B, estas magníficas actuaciones lo llevaron a ser una alternativa atacante en la Selección Colombia Sub-20.
Para el segundo semestre del 2013 pasó a ser nuevo refuerzo de La Equidad, en el cual logró anotar 4 goles en 2 partidos.
Durante el año que estuvo en Italia solo jugó 8 partidos y no logró anotar ningún gol, además descendió a la Serie B.
El domingo 16 de noviembre marcó su segundo gol en su club Olimpo, que se encontraba cerca del final de la tabla, para empatar frente al único puntero del campeonato, River Plate.
Después de su paso por el Olimpo, llegó por un año al Independiente Santa Fe.
En el segundo semestre de 2015, con la llegada de Gerardo Pelusso, Miguel Borja pasó a segundo plano y entró con menor continuidad, sin embargo logró conseguir goles y hacer parte del plantel que consiguió la Copa Sudamericana 2015.
Para el 2016 volvió al Cortuluá donde se convirtió en figura marcando varios goles.
También fue el máximo goleador de Atlético Nacional en la Copa Libertadores con cinco goles en cuatro partidos.
El 14 de mayo por la primera fecha del Brasileirao marca doblete en la goleada 4-0 sobre Vasco da Gama, el 21 de junio le da la victoria por la mínima a su club frente a Atlético Goianiense.
El 16 de mayo marca su primer hat-trick con el club brasileño en el triunfo 3-1 sobre Atlético Junior club del cual es hincha en Colombia, por la última fecha del Grupo H de la Copa Libertadores 2018.
En su debut del 2019 marca el gol para el empate a uno en su visita al RB Brasil por el Paulista.
[27] El 24 de julio marcó su primer tanto y dio dos asistencias en el triunfo 0-3 sobre Club Atlético Aldosivi.
[29] El 4 de septiembre llegó el tercer gol en el club, en el triunfo 2-0 sobre Barracas Central.
Fue convocado para actuar con la selección Colombia Sub-20 en el Campeonato Sudamericano Sub-20 de 2013, celebrado en la provincia de Mendoza, Argentina, en el que sería suplente los dos primeros partidos contra Paraguay y Chile, debutando en el segundo tiempo ante la selección chilena y jugando los últimos minutos del encuentro.
Su debut se produjo el 10 de noviembre como titular en el empate sin goles frente a Chile, siendo reemplazado en el entretiempo por Radamel Falcao.