En noviembre de 2004 la Asociación Comunitaria La Matanza demandó civilmente al Estado Nacional argentino, reclamando indemnización por daños y perjuicios.

[9]​ Así se comenzó en noviembre de 2004 la tramitación del expediente «Asociación Comunitaria La Matanza c/ PEN-Estado Nacional Argentino s/Daños y Perjuicios».

El Estado Nacional, representado por la Procuración General del Tesoro interpuso un recurso extraordinario ante la Corte Suprema de Justicia en el que ratificó que “la posición del Estado Nacional siempre fue que la llamada “Masacre de Napalpí” no constituyó un genocidio, pues ni antes ni después se persiguió a la comunidad indígena que la actora dice nuclear, ni se la exterminó, ni se la sacó de la sociedad, más allá de su propia auto-aislación” y pidió se deje sin efecto la condena.

Pero el gobernador Fernando Centeno les prohibió abandonar Chaco y, ante la persistencia indígena, ordenó la represión.

El gobernador del Chaco, Fernando Centeno, inició los preparativos para una feroz y brutal represión.

[18]​ A finales de los años veinte, el periódico Heraldo del Norte recordó así el hecho:

Las primeras familias que se instalaron eran de los pueblos Pilagá, Abipón, Toba, Charrúa y Mocoví.

En julio de 1924, Federico Gutiérrez, corresponsal del diario La Razón, escribió: «Muchas hectáreas de tierra flor están en poder los pobres indios, quitarles esas tierras es la ilusión que muchos desean en secreto».

Acerca de estos imaginarios combates, el historiador Alberto Luis Noblía remarca que «las naciones aborígenes chaqueñas no practicaron el malón, usual en otros pueblos.

Al contrario, el colono supo encontrar en el indígena mano de obra barata».

Las fuentes coinciden en señalar que no hubo resistencia alguna por parte de los indígenas, por lo que el hecho fue, en la práctica, un fusilamiento masivo seguido de actos aberrantes: Ninguno de los que cometieron la masacre murió o resultó herido, y nunca se realizó una investigación ni se llevó a juicio a los culpables.

Debido a su investigación, Chico logró tomar contacto con una testigo sobreviviente, 95 años después de la matanza, de nombre Rosa Grillo, quien siendo niña se salvó con su madre, pero vio morir a su padre.

[23]​ En territorio chaqueño, el gobernador radical Centeno siguió en su cargo, y separó al juez que atendía el caso, Justo F. Farías, reemplazándolo por uno de su confianza, Juan Sessarego.

El nuevo magistrado, quien había sido puesto por Centeno en medio de la repulsa popular, sobreseyó a los ochenta policías que intervinieron en la matanza.

[3]​ En el año 2004, los tres pueblos originarios del Chaco inician una acción civil resarcitoria de indemnización por daños y perjuicios.

En 2019, el Equipo Argentino de Antropología Forense, convocado por la justicia, encontró restos humanos en Napalpí.

[24]​ En 2020 la acción civil resarcitoria iniciada en 2014 obtuvo sentencia favorable noventa y seis años después, el 14 de septiembre del año 2020.

[26]​ En 2014, noventa años después, el Estado argentino, a través del Ministerio Público, volvió a investigar durante cuatro años los eventuales delitos de lesa humanidad cometidos en Napalpí, y solicitó la apertura de un juicio por la verdad, debido a que todos los eventuales culpables ya habrían muerto.

En 2021, la jueza federal de Resistencia Zunilda Niremperger habilitó la realización del juicio por la verdad, noventa y siete años después.