Los soldados del Batallón Atlacatl ordenaron a los pobladores que salieran de sus casas y se formaran en filas en la plaza.
Cada hombre, mujer y niño, al terminar la sesión de tortura, era ejecutado.
El mismo 11 de diciembre de 1981, los soldados mataron a más de veinte personas en el cantón La Joya; el día 12, unas treinta personas en el caserío La Ranchería; el mismo día, por unidades del Batallón Atlácatl, los y las habitantes del caserío Los Toriles; y el día 13, a los pobladores del caserío Jocote Amarillo y del cantón Cerro Pando.
[2] En El Mozote y en los demás caseríos fueron asesinadas más de quinientas personas identificadas, y varios centenares de víctimas que no han podido ser identificadas.
[2] El Ministro de Defensa y el jefe del Estado mayor han negado a la Comisión de la Verdad tener información que permita identificar a las unidades y oficiales que participaron en la Operación Rescate.
[2] El presidente de la Corte Suprema ha tenido una injerencia parcializada y política en el proceso judicial iniciado sobre la masacre en 1990.
[11] Ese mismo día, otro reportaje, obra de la periodista mexicana Alma Guillermoprieto, apareció en el periódico Washington Post y afirmaba que una masacre de grandes proporciones se había llevado a cabo en un pequeño caserío del norte de Morazán, y los pocos supervivientes aseguraban que la única responsable era la Fuerza Armada salvadoreña.
El conservador periódico Wall Street Journal también puso en duda la veracidad de la información.
Altamente experimentados por su labor exhumando víctimas de la dictadura militar argentina (1976-1983), los antropólogos argentinos desenterraron numerosas osamentas y estudiaron, entre otros datos, los orificios de bala, la trayectoria de las balas, las fracturas que mostraban los huesos y la posición en que quedaron los cuerpos, y tras rigurosos análisis, corroboraron todo cuanto había relatado Rufina Amaya a la periodista Alma Guillermoprieto en 1982.
[2] Posteriormente, en una cadena nacional, realizada el día 25 de septiembre de 2020, el presidente Bukele aclaró que los archivos se encuentran extraviados y pudieron haber sido destruidos por los gobiernos anteriores.