Preso en 1572 por el tribunal de Valladolid, en 1577 resultó definitivamente absuelto aunque amonestado y advertido para que en su cátedra concordase el texto hebreo con la edición Vulgata de la Biblia, como auténtica y aprobada por el Concilio de Trento.
[1] Preguntado por sus orígenes familiares respondió «que él y todos los dichos sus ascendientes por ambas partes son christianos viejos, sin rraza ninguna de judíos ni moriscos, y que ninguno dellos ha sido penitenciado ni condenado por este Offcio, ni preso, sino solo este declarante».
[4] Aunque al tribunal inquisitorial dijo haber vivido siempre en Salamanca excepto un año que tuvo su residencia en Alcalá, Martín Martínez inició sus estudios en la Universidad de Valladolid donde en 1543 obtuvo el grado de bachiller en Teología.
[9][10] Una obra de mayor ambición dio a luz en Salamanca en 1565: los Hypotyposeon theologicarum, introducción a las Sagradas Escrituras en diez libros en los que defendía la necesidad de recurrir a las ciencias auxiliares, como la gramática, la geografía y la historia, para interpretar los pasajes oscuros del Antiguo Testamento y no quedarse solo con la patrística.
De regreso a la universidad reclamó con cierta arrogancia su inocencia y el pago de los haberes académicos por todo el tiempo transcurrido en prisión, para poder viajar a Madrid y ocuparse de la segunda edición de los Hypotyposeon, cuya aparición se retrasó hasta 1582, cuando, ya muerto el maestro, salió una edición expurgada conforme a lo establecido en el Índice de 1584, sin los más controvertidos pasajes relativos a la cristología y angelología y los ataques a los escolásticos.