Tras su fallecimiento, su viuda, María de Álava, figuró al frente del taller entre 1700 y 1706.

En esta última ciudad estuvo “acomodado” en casa de la viuda del impresor Miguel Luna.

De esta manera el oficio pasó al otro tipógrafo activo en Pamplona: Juan Micón.

Pretendía que su madre le donara la imprenta a cambio de una pensión, tal y como había hecho su abuelo Martín Labayen con su padre Diego Zabala, pero esta no accedió y las desavenencias desembocaron en un pleito.

El conflicto por la propiedad del negocio familiar que detentaba su madre se enconó de tal manera que, según cuenta Martín Gregorio, un día su madre y hermana menor, Juana, asaltaron el taller y desbarataron los cajones de letras: Esta violenta irrupción se explicaría en buena parte por el temor a que la nueva imprenta, gestionada profesionalmente por Martín Gregorio, acabara por dejar sin clientes al vetusto y pésimamente gestionado negocio que dirigía su padrastro Gaspar Martínez, el segundo esposo de su madre.

Después, cuando los tribunales desautorizan su pretensión, sus impresos solo llevan el apellido paterno "Martín Gregorio de Zabala".

[7]​ La situación familiar se complicó con el regreso de su padrastro, Gaspar Martínez, hacia 1670.

Martínez se había reconciliado con su esposa, Isabel Labayen, cuya imprenta volvió a dirigir, y enseguida entró en conflicto con Martín Gregorio de Zabala al solicitar permiso para imprimir los papeles judiciales, sobre los que su hijastro había conseguido el monopolio en 1669.

La actividad impresora decae en los últimos cuatro años de su vida, entre 1697 y 1700, cuando solo imprime un volumen.

La absorción del negocio por Juan José Ezquerro, a partir de la fecha señalada, acabaría con esta práctica.