La asignación tiene como cometido, en primer lugar, pagar el trabajo del autor y, en su momento, contribuir a la financiación de la edición que este ha de imprimir y vender en beneficio propio.

La polémica que alguna de las tesis recogidas en esta obra suscitó entre determinados sectores, le obligó ha sacar a la luz, trece años después, una obra en defensa de sus planteamientos, las Congresiones apologéticas.

[14]​ La primera experiencia de Moret como editor resultó calamitosa: entregó al impresor Gaspar Martínez una letrería nueva que este debió de vender sin permiso, lo que retrasó tres años la publicación y mantuvo al tipógrafo en la cárcel durante once meses.

En esta ocasión ha encomendado la tirada al impresor del Reino, Martín Gregorio de Zabala.

Así pues, las Investigaciones históricas y las Congresiones apologéticas son estudios preliminares a los que el autor ha dedicado 24 años de trabajos como cronista del Reino.

Tres años después, en 1687, fallecerá José de Moret dejando medianamente redactados los originales correspondientes a los tomos segundo y tercero.

Para continuar con el ambicioso y arduo proyecto de los Anales, la Diputación nombra un nuevo cronista.

El cargo recae otra vez en un jesuita, nacido en Viana, Francisco de Alesón.

En cuanto a las condiciones económicas, eran las mismas que venía disfrutando el Moret: 150 ducados anuales.

[20]​ Esta declaración inicial de respeto a la obra del primer cronista, al parecer, no fue suficiente ya que, cuando Alesón preparaba el tercer tomo de los Anales a partir del texto de Moret, la Diputación le ordenó no hacer cambios, a lo que el historiador, para despejar suspicacias, respondió: “Ninguno más que yo estima y venera los escritos del P. Moret y nunca fue mi intento apropiármelos y sacarlos en mi nombre”,[21]​ y así fue: en la portada del tomo tercero se precisa que es ”obra póstuma y última del Padre José de Moret, con escolios y adiciones al fin del P. Francisco de Alesón”.

[22]​ El tercero, también elaborado a partir del original de Moret, tardará en llegar nueve años (1704), y para su conclusión contribuiría la determinación de la Diputación de no pagar al cronista su salario durante cuatro años, desde 1699 hasta 1703, año en el que intervino el virrey para que se le abonara.

[23]​ En su impresión intervino el tipógrafo vallisoletano Fernando Cepeda, contratado por Alesón para acometer este encargo, y posteriormente se incorporaron a los trabajos los impresores oficiales del Reino Juan José Ezquerro y Francisco Picart.

Francisco de Alesón, en la dedicatoria del tomo V a las Cortes del reino, manifiesta que tiene documentación suficiente para concluir los Anales con un nuevo volumen: "Porque, sobre el aparato de materiales que tengo prevenidos, y en mucha parte labrado para el sexto y último tomo de sus Anales [...]".

El editor goza del privilegio de la obra por diez años y la venta tiene una tasa favorable de ocho maravedís el pliego, con la que cabe esperar que recupere lo invertido.

Los índices elaborados por Elizondo al final se publicaron en la segunda edición de los Anales aparecida en 1766.

Sin embargo su trabajo no gustó a los revisores nombrados por la Diputación que lo encontraron poco solemne.

[35]​ La impresión se retrasó más de lo previsto y, al fin, cuando acababa 1756, ya estaban disponibles los siete tomos.

Las Cortes, a la vista de los informes recibidos, decretaron que la obra era “imperfecta” y ordenaron la recogida y destrucción de la tirada, que se llevó a cabo tres años más tarde, en 1759, enterrándola en cal viva.

[36]​ Y así, tuvo que hacer frente al ingente gasto realizado, pagando muy caras sus veleidades históricas sobre un texto que ya formaba parte intocable de la historia oficial del reino de Navarra.

Esta edición aportó como novedad un índice alfabético de las "cosas notables" y otro "particular de los libros y capítulos" que había preparado el editor literario, Joaquín Solano.

La venta fue inferior a lo esperado, en buena parte porque las instituciones del Reino, entre las que se encontraban los municipios, ya disponían de la primera edición.

En 1784, 18 años después de la publicación, puesto que la situación continuaba sin mejorar, ordenaron mandar a la “villa y corte de Madrid los [juegos] que quepan en dos o tres cargas”.

Cuando las Cortes del reino recibieron la edición en 1766, en un arranque de optimismo, creyeron conveniente hacer otra más accesible, más manejable y popular; y para ello ordenaron la edición de los “Anales del Reyno en octavo [tamaño pequeño] o en la forma que mejor le parezca y cuando juzgare ser conveniente".

Corrió a cargo del Establecimiento Tipográfico y Casa Editorial de Eusebio López.