En paralelo, Werner compitió en gran turismos y sport prototipos tanto en Europa como en América del Norte.

Ese año, llegó tercero en las 24 Horas de Le Mans en un Audi R8 LMP, acompañando a Michael Krumm y Philipp Peter.

Con el mismo automóvil, Werner y Frank Biela obtuvieron cuatro victorias absolutas en las nueve fechas de la American Le Mans Series en 2003, incluyendo las 12 Horas de Sebring con Philipp Peter como tercer piloto, y subieron al podio en otras cuatro.

Asimismo, Werner llegó cuarto en las 24 Horas de Le Mans en un Audi R8 LMP oficial del equipo Goh.

Werner siguió compitiendo en la American Le Mans Series en 2004 con un Audi R8 LMP oficial, pero ahora en el equipo Champion y junto a J. J. Lehto.

Además, Werner, Lehto y Champion llegaron terceros en las 24 Horas de Le Mans, con Emanuele Pirro como tercer piloto.

No obstante, Werner, Biela y Pirro repitieron victoria en las 24 Horas de Le Mans, donde cruzaron la meta a diez vueltas del escolta.

Werner llegó sexto en las 24 Horas de Le Mans, en este caso formando la terna habitual con Biela y Pirro.