Sus padres eran Pastor Castro Tinoco, destacado empresario, y Mercedes Ruiz Ramírez.
Sus primeros años de estudio fueron con el profesor Juan Vargas; desde muy pequeño sintió el llamado de Dios e ingresa en 1929 en la Escuela Apostólica del presbítero Saturnino García Lara, en Morelia, lugar donde los jóvenes se preparaban para la vida del sacerdocio.
Como alumno del Colegio Pío Latino Americano, cursó Filosofía en la Universidad Gregoriana, donde fue muy estimado por superiores y alumnos; llegó a ser prefecto y subprefecto de la tercera división.
Llegado a Morelia y no habiendo Seminario Mayor en Morelia, en noviembre de 1940 el arzobispo Luís Maria Altamirano y Bulnes lo envió a Puebla para continuar sus estudios de Teología en el seminario palafoxiano, hasta 1943.
Hizo innumerables peregrinaciones a Roma y fue recibido personalmente por Pablo VI y Juan Pablo II; este último sería su invitado de honor en 1993 durante su primera visita a México como papa de la Iglesia católica, como anfitrión el 11 y 12 de agosto de Juan Pablo II, le mostró la tierra del mayab, visitando Uxmal, Izamal y Mérida.
Su labor pastoral fue importante en todos los ámbitos, especialmente como Protector y Evangelizador del Pueblo Maya o Mayista, constatado en 1973 cuando coordinó el I Encuentro Nacional de Pastoral Maya, en el que se sentaron las bases para acercar la fe a los sectores rurales más apartados, con mayoría de población mayaparlante.
A raíz del encuentro, en noviembre de 1976 se aprobó la traducción a la lengua maya del Misal ordinario, utilizado en las liturgias dominicales, y posteriormente se dio pie a promover la celebración de la misa en Lengua Maya o la traducción de la Biblia reconocida por la Santa Sede.
Después de una larga y fructífera labor, renuncia al cargo en 1993, a los 75 años, como es costumbre, siendo ésta negada por Juan Pablo II.
Su labor pastoral sobrepasaba sus límites; durante su pontificado impulsá a diversas personalidades o a quienes veía con futuro prometedor, becándolos por cuenta propia en el Conservatorio de las Rosas de la ciudad de Morelia, impulsándolos en sus proyectos o simplemente ayudándolos a ser mejores como seres humanos.
Culminando su pontificado en Yucatán, sus familiares en Morelia esperaban su regreso, a lo que él se negó.
En 1973 Manuel Castro Ruiz realizó el I Encuentro Nacional de Pastoral Maya, en el que se sentaron las bases para acercar la fe a los sectores rurales más apartados, con mayoría de población mayaparlante.
A raíz del encuentro, en noviembre de 1976 se aprobó la traducción a la lengua maya del Misal ordinario, utilizado en las liturgias dominicales, y posteriormente se dio pie a promover la celebración de la misa en Lengua Maya o la traducción de la Biblia reconocida por la Santa Sede.
http://www.multimedios.tv/noticias/2008/11/19/expresa-ortega-pacheco-condolencias-por-muerte-de-monse-or-castroruiz (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
http://www.yucatan.com.mx/noticia.asp?cx=17$3100000000$3958621&f=20081118 (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
http://www.yucatan.com.mx/noticia.asp?cx=17$3100000000$3958534&f=20081119 (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
http://www.poresto.net/ciudad/7428-emotiva-misa-de-cuerpo-presente (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
http://www.yucatan.com.mx/noticia.asp?cx=17$3100000000$3958679&f=20081119 (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
http://www.panyucatan.org.mx/noticias/verarticulo.php?IdArticulo=615&Categoria=Boletines (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).
http://groups.msn.com/parroquiadesantiagoapostol/general.msnw?action=get_message&mview=1&ID_Message=282&CType=0&CDir=-1 (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).