La arquidiócesis tiene como sufragáneas a las diócesis de: Campeche, Cancún-Chetumal y Tabasco.

La primera diócesis de Yucatán fue la diócesis Carolense, erigida por el papa León X con la bula Sacri apostolatus ministerio del 24 de enero de 1519, creyendo que la tierra recién descubierta era una isla.

Sin embargo, la erección de esta diócesis quedó en el papel hasta 1527, cuando al saberse que Yucatán era parte del continente que Hernán Cortés estaba conquistando, el papa Clemente VII hizo ciertas modificaciones, y el padre Julián Garcés, nombrado primer obispo de Yucatán, estableció su residencia en Tlaxcala cuando llegó a Nueva España, dado que los españoles habían abandonado la conquista de Yucatán por esta nueva tierra.

[5]​ En el siglo XIX el obispo e historiador Crescencio Carrillo y Ancona trató la necesidad de implementar la elevación de la diócesis en arquidiócesis para lo cual solicitó al papa León XIII la división de su sede erigiendo las diócesis sufragáneas de Tabasco y Campeche como primer paso para preparar la erección de Yucatán como arquidiócesis.

[6]​ El 6 de marzo de 1907 se recibió en Mérida la bula para erigir la nueva provincia eclesiástica, que le correspondió al obispo Martín Tritschler y Córdova, convirtiéndose en el primer arzobispo de Yucatán.