El río Madeira propiamente dicho transcurre casi íntegramente en territorio brasileño, por los estados de Rondonia y Amazonas, siendo en un pequeño tramo la frontera internacional con Bolivia.Sus principales afluentes son los ríos azul, Mamo-Manu, Kharamanu, Rapirrán y Chipamanu.Discurre 483 km en dirección SW-NE hacia Riberalta, donde confluye con el río Beni.Este es el tramo medio del curso del Madeira y sus principales afluentes, todos por la derecha, son el Ribeirao, Cotia y Jaciparaná, En este tramo, en 2003, se ha previsto construir 2 grandes plantas de energía hidroeléctrica, conocido como Proyecto Madeira, en Santo Antonio y Jirau, de las siguientes características: Después de las cataratas y rápidos, el Madeira recorre los estados brasileños de Rondônia y Amazonas, aguas abajo de Santo Antonio.En este lugar, el río discurre a una altitud de 19 metros sobre el nivel del mar, es decir, la pendiente es casi nula en la cuenca baja.Los principales afluentes en este tramo son los siguientes:[3] En su cuenca baja, es enorme, muy accesible para grandes embarcaciones, incluidos buques marinos que puede remontarlo hasta las cataratas San Antonio, cerca de Porto Velho, Brasil, a 1070 km de su estuario.Una conocida tribu, los Parintintins viven cerca de sus riberas, entre los ríos Madera y Marmelos.[4] El delfín boliviano (Inia boliviensis), considerado a veces o una subespecie del delfín rosado (Inia geoffrensis) o una especie separada, está restringido al sistema superior del río Madeira.[7][8] En julio de 2007, el Gobierno brasileño aprobó los planes para construir dos presas hidroeléctricas en el río Madeira.El contacto entre los mineros y estos pueblos podría ser fatal, debido a la transmisión de enfermedades contra las que no tienen inmunidad.
El Madera en la confluencia con el río Abuná.
Porto Velho, con el río al fondo.
Estación del ferrocarril Madeira Mamoré en Porto Velho, con el río al fondo.