El río Yata nace al noreste del lago Rogagua, en el departamento del Beni, donde discurre enteramente.
Se caracteriza por ser meándrico y discurre en dirección noreste con una longitud total de 1.060 km hasta su desembocadura en el río Mamoré (10°29′10″S 65°26′0″O / -10.48611, -65.43333), cerca de la desembocadura del río Beni.
En su recorrido recibe varios afluentes como el río Benicito y una multitud de arroyos.
Pasa por las localidades de, Puerto Yata, Puerto Teresa, Rosario del Yata Tres Mapejos y Emboscada.
En el sitio de influencia del Río Yata se han registrado 118 especies de animales , pertenecientes a 29 familias.