En el lado occidental de la alta cuenca del Inambari algunas guarniciones incas indudablemente se han establecido en lugares previamente habitados.
Los más importantes sitios incas identificados en esa frontera son Wat'amarka con la fortaleza de Juchuy Qaliri, en Coasa (Puno) sobre el río Esquena, y la guarnición de Phisqapunku en Phusca, Usicayos (Puno) con su gran kallanka o centro administrativo.
Según el mapa esta es una zona de coca, canela, cacao y café.
Cuando el río entra a la llanura amazónica su curso es trenzado (formado por canales entrelazados).
[13] La planicie aluvial tiene un bosque inundable y muchos aguajales donde crece la palmera Mauritia flexuosa.
[13] Esto debido a su descenso desde los glaciares y punas hasta la llanura amazónica, atravesando muchos nichos ecológicos.
En la llanura amazónica existen las cochas o lagunas provenientes de meandros que han sido cortados y aislados.
Estas no corresponderían exactamente a lagos en la clasificación de Ramsar ya que están en zonas inundables y tienen praderas flotantes.
- Lagos permanentes alcalinos: Se supone que existen en la parte alta de la cuenca.
- Pantanos y charcas de agua dulce permanentes: Se encuentran en las tierras bajas, a menudo en los aguajales.
- Turberas no boscosas: Se encuentran en general por encima de los 3,700 m y son mantenidas por aguas subterráneas.
Existen en las planicies aluviales de las zonas bajas, a menudo mezclados con pastos altos, como el Gynerium.
Se sabe que los carácidos, bagres, peces eléctricos, cíclidos y la trucha se encuentran por encima de los 350 m s. n. m. Es decir hay solo 4 órdenes de peces nativos, formadas por 13 familias, 50 géneros y unas 70 especies.
La única especie endémica identificada en la cuenca del Inambari es un carachama: el Chaetostoma marcapatae (Loricariidae).
Teniendo en cuenta que el río solo comienza a ser explorado científicamente hay esperanzas de encontrar más especies endémicas.
Los bagres del tipo Goliat (género Brachyplatystoma) recorren grandes distancias en la cuenca amazónica.
En todos los tributarios grandes de las cuencas del Madeira se encuentran sábalos y boquichicos, peces altamente migratorios.
también se encuentran grandes bagres, como los zúngaros, doncellas, puma zúngaros y achacubos (Surubimichthys planiceps), los que se sabe que migran en los ríos de la Amazonía, pero, por falta de investigación, sus movimientos no han sido documentados en el Inambari.
Por falta de estudios solo se puede suponer que al menos dos especies relativamente grandes, el sábalo macho (Salminus maxillosus) y la ashara (Aguarunichtys torosus) desovan en el piedemonte del Alto Madre de Dios.
La presencia de estas familias en números importantes indican que los ecosistemas aún están saludables.
Según los pobladores las especies altamente deseables para cazarlas son de las familias Tinamidae (perdices) y Cracidae (pavas).
[24] Desde la época de los Incas y quizás desde antes, el oro ha sido explotado en la cuenca del Inambari, por lo menos en las cabeceras.
La compañía lo utilizó para acceder a sus concesiones de caucho que explotaba bajo la denominación Inca Rubber.
[28] Después de las exacciones cometidas contra pueblos indígenas en la época del caucho los remanentes fueron reagrupados con algunos colonos andinos en misiones dominicas y algunos se dedicaron a lavar oro en la cuenca baja.
Esos diversos intereses a veces entraron en conflicto por el control de los recursos.
No se sabe exactamente cuanto oro se extrae del área pero sí que son solo tres grandes empresas las que lo compran, a través de múltiples tiendas, sobre todo en Puerto Maldonado, donde el oro se recupera quemando la amalgama de mercurio en ambientes altamente contaminados y extremadamente peligrosos para la salud.En 2010 y en 2012 el gobierno peruano lanzó sendas ofensivas para restaurar la legalidad en la zona, pero sin darse los recursos financieros y humanos necesarios.
En esta zona los cultivos de coca siguen avanzando y habrían incluso invadido una franja del Parque Nacional Bahuaja Sonene.
La central podría producir en promedio, anualmente, 12,719,500 megavatios hora (MWh) y tendría un embalse que anegaría 378 km².
[37] La concesión fue anulada por el gobierno peruano debido a la resistencia de la población afectada por el proyecto (unas 4,000 personas) pero en algunas entidades gubernamentales hay aún hoy (2013) el sentimiento de que la hidroeléctrica debe construirse, ya no para exportar al Brasil, sino para abastecer un mercado peruano en rápido crecimiento y quizás para exportar electricidad a Chile.
Hay también en estudio, por empresas peruanas, la construcción río arriba de otras tres centrales llamadas Nueva Esperanza 1, 2 y 3 sumando 380 MW, y en el río Sandía dos centrales más sumando 315 MW.