Atraviesa luego los territorio indígenas de Sierra Morena y Aripuanã, pasado el cual se encuentra la localidad que da nombre al río, Aripuanã.
Los principales afluentes en esta parte alta son el río Branco, el Canamã y el Pacutinga.
En este tramo recibe los ríos Maracaña, Paxiuba, Guariba y el río Roosevelt (760 km), su principal afluente (que, a su vez, tiene como afluentes los ríos Branco, Madeirinha y Machadinho).
Sigue un tramo con la cachoeira de Matamatá y la de Periquito y entre ambas, el río es atravesado por la carretera Transamazónica (BR-230), que lo cruza mediante una balsa.
El principal puerto del río está en su boca, Novo Aripuanã.