La longitud total del río es de 960 km,[2] aunque con el Ananiná alcanza los 1.240 km y en su parte final forma frontera natural entre Mato Grosso y el estado de Amazonas, hasta su confluencia con el río Teles Pires, en Barra de San Manuel, donde nace el río Tapajós.
Ya como río Juruena, recibe, por la derecha, el río Sauêruiná o Papagayo (con los afluentes Buriti y Timalaciá); por la izquierda, el río Juinamirim; por la derecha, el río Sangue (470 km) (con su afluentes Cravari, Membeca y Sacuiruima) y por la derecha, el río Arinos, su principal afluente con una longitud de 750 km y una gran subcuenca con multitud de tributarios.
En este tramo recibe al río Sao Joao da Barra y, ya en la parte baja, por la izquierda, al río Bararati.
En este tramo el río atraviesa las localidades de Barraçao do Barreto y Visita, las pocas que hay en sus riberas, a causa de no ser el curso alto navegable por las cataratas.
Los principales afluentes del río Juruena son, en dirección aguas abajo,: El barón ruso Georg Heinrich von Langsdorff (1774-1852) realizó un viaje de exploración en Brasil (1822-30) y enloqueció a causa de las fiebres en el río Juruena en 1828.