Un río de aguas negras es aquel curso fluvial que lleva en disolución una gran cantidad de materia orgánica y apenas minerales, en contraposición a los ríos de aguas blancas.
Sus aguas son claras y transparentes, pero la materia orgánica les confiere un color muy oscuro, marrón o negruzco, a causa de los taninos y compuestos fenólicos.
Suelen atravesar zonas de suelos pobres, con escasez de minerales, lo que hace que sus aguas sean pobres en nutrientes, y normalmente bastante ácidas.
Generalmente ocurren en zonas donde esos suelos han sido sometidos a una erosión intensiva durante largos períodos de tiempo y apenas quedan nutrientes en ellos.
No debe confundirse el término con aguas residuales, error muy frecuente dada la costumbre de llamarlas "aguas negras".