La materia orgánica (o material orgánico, material orgánico natural o MON) es materia conformada por compuestos orgánicos que provienen de los restos de organismos que alguna vez estuvieron vivos, tales como plantas, animales y sus productos de residuo en el ambiente natural.
Las estructuras básicas están formadas de celulosa, tanino, cutina y lignina, junto con varias otras proteínas, lípidos y azúcares.
Es muy importante en el movimiento de nutrientes en el medio ambiente y juega un rol en la retención del agua en la superficie del planeta Tierra.
Todos los organismos vivos están formados de compuestos orgánicos, mientras están vivos ellos secretan o excretan materiales orgánicos tales como heces en los suelos, se desprenden de porciones de sus cuerpos tales como hojas y raíces, y tras morir el organismo, su cuerpo comienza a descomponerse y a desmembrarse gracias a la acción de las bacterias y hongos.
La materia orgánica natural puede variar mucho, dependiendo de su origen, modo de transformación, edad y medio ambiente, por lo tanto sus funciones bio-físicas-químicas presentan gran variación dependiendo de los tipos de ambientes.