Discurre en dirección sur, en un curso paralelo al del río Sucunduri.
Atraviesa las localidades de Usina Sao Francisco, Inaja y Vila Sagrado Coraçao do Jesus.
El río Abacaxis desemboca en un ramal del río Madera-Canumã, el río Paraná-Urariá, que corre casi paralelo al río Amazonas durante unos 400 km, dejando entre ambos la isla Tupinambarana, una isla de 11.850 km² (la 66.º del mundo por tamaño), formada por llanuras aluviales y recorrida por pequeños ríos y lagos.
El río Abacaxis desemboca en ese ramal entre los ríos Canumã y Paraconi.
En Brasil, abacaxi es el nombre que se da a la piña o ananás.