Luego desempeñó actividades políticas como senador por Piura, y fue uno de los fundadores del Partido Civil.

Otras unidades navales siguieron su ejemplo y se formó así una escuadra rebelde.

Secundó la revolución restauradora acaudillada por el coronel Mariano Ignacio Prado contra el gobierno del general Juan Antonio Pezet en 1865, que resultó triunfante.

[1]​ Se hallaba al mando de la escuadra peruana fondeada en Valparaíso, cuando, junto con otros marinos, protestó contra la decisión del gobierno de contratar al comodoro estadounidense John R. Tucker para dirigir la armada peruana en la proyectada expedición naval a Filipinas, a la que se quería liberarla del dominio español (1866).

[3]​ En 1871 estuvo entre los fundadores del Partido Civil, que en 1872 llevó al poder a Manuel Pardo.

[1]​ En 1875 postuló a la presidencia del Perú, pero perdió las elecciones frente al general Mariano Ignacio Prado.

Se ha especulado si ello se debió a la enconada rivalidad política que existía entre ambos, que databa de años atrás; al parecer, Piérola quería formar un ejército totalmente adicto a su persona.

[13]​ Tras la deportación de García Calderón, Montero se convirtió en el encargado del Poder Ejecutivo.

[16]​ Este hecho fue condenado por varios pueblos del Perú, incluido Arequipa, que se negaron a aceptar la mutilación de la patria.

Este Congreso ratificó a García Calderón como presidente y a Montero como primer vicepresidente encargado del mando; y nombró al general Andrés Avelino Cáceres (en esos momentos caudillo de la resistencia de la Breña) como segundo vicepresidente.

Chile no lo reconoció; el único gobierno extranjero que le acreditó una representación diplomática fue el de Bolivia, regido entonces por el general Narciso Campero.

Brindó asimismo importante ayuda a la resistencia dirigida por el general Andrés A. Cáceres, reforzando su ejército de la Breña hasta en tres oportunidades.

Pese a que la intención explícita había sido mantener la resistencia, las defensas arequipeñas abandonaron los puntos claves de Jamata y Puquina sin combatir, lo que permitió el avance de los chilenos hacia la ciudad, sin encontrar resistencia.

[21]​ Esta retirada sería estratégica: el ejército marcharía hacia Puno, para reorganizarse allí y contraatacar al enemigo.

[20]​ Durante su retirada, que algunos han pintado como una huida, las picanteras le lanzaron agua hirviendo, como señal de repudio.

[16]​ Por su parte, Montero dejó el poder en el segundo vicepresidente, que era Cáceres, a quien remitió una carta el día 28 de octubre, donde decía textualmente:[20]​

En 1889, ya de vuelta al Perú, Montero fue nuevamente elegido senador por Piura,[22]​[23]​[24]​[25]​[26]​[27]​ cargo en el que se mantuvo hasta 1894.

Excepcionalmente, aceptó ser vocal del Consejo Supremo de Guerra y Marina.