En ese periodo, junto con Lisa Rix, tuvo un hijo, Lincoln Burrows Jr.

Lincoln, en tanto que uno de los personajes principales, desempeña un papel importante en la serie y aparece en todos los episodios.

Dominic Purcell fue elegido para interpretar al personaje sólo tres días antes de la producción del episodio piloto.

A lo largo de esta primera temporada, Lincoln es visto encerrado en su celda, la cual por casualidad, es en la que en la vida real John Wayne Gacy fue encarcelado en durante su tiempo en la Prisión Joliet.

En varios episodios, Lincoln afronta con varias tentativas de acabar con su vida por parte de otros internos y el agente del Servicio Secreto, Paul Kellerman (interpretado por Paul Adelstein).

Junto con su hermano y los otros seis escapados, consigue evadir la persecución de Brad Bellick (interpretado por Wade Williams) y sus guardias, aunque se afecta cuando se da cuenta de que Verónica es asesinada.

Después tranquilizarlo con respecto a la seguridad, de L.J., Lincoln viaja con su padre para reencontrarse con Michael.

Lincoln, Michael y Kellerman se dirigen hacia Blackfoot (Montana), para destapar la verdad acerca de Terrence Steadman.

Con Steadman capturado, el grupo se aísla en un motel para despistar al Servicio Secreto, cuyo mandatario, Bill Kim (interpretado por Reggie Lee), les sigue la pista.

La exoneración de Lincoln finalmente llega cuando Paul Kellerman decide declarar contra "La Compañía".

Cercados por la policía, Lincoln, Michael y Sara escapan, pero se separan durante la huida.