Aunque él tenía un futuro prometedor en el ejército, recibió una buena oferta del gobierno federal: una posición de dirección dentro del Servicio Secreto, y se asignó proteger a Caroline Reynolds (Patricia Wettig), a la cual ha servido durante quince años.
Junto con su compañero y viejo amigo Danny Hale, Kellerman en la primera mitad de la temporada trata de impedir por cualquier medio que se destape la conspiración que se armó para inculpar a Lincoln Burrows.
Para hacer esto, él no tiene problemas en chantajear o incluso asesinar a varias personas inocentes, bajo las órdenes de Caroline Reynolds.
Este hecho fue el primero en donde se puede apreciar que Kellerman muestra remordimiento al asesinar.
La segunda parte de la primera temporada se observa como a menudo Kellerman tiene diferencias con Samantha Brinker, que es el intermediario entre la Compañía y Reynolds.
En los siguientes episodios se muestra que Kellerman siente hacia Reynolds cierto amor y afecto, por esa causa él lleva trabajando fielmente durante 15 años para ella.
Primero se involucra directamente en la caza de los "8 de Fox River", luego Kellerman decide rastrear Sara Tancredi, ya que piensa que lo podría llevar a Michael Scofield y Lincoln Burrows.
Cuando Michael se encuentra con Sara, esta demuestra un gran odio y resentimiento hacia Kellerman, porque este en capítulos anteriores la había torturado.
Los hermanos igual deciden seguir manteniendo a Kellerman por el momento, ya que necesitaban su ayuda, pero desconfiaban de sus verdaderas intenciones.
Él obtiene un rifle francotirador, de un vendedor ilegal de armas al cual engaña y asesina, e intenta matar a la presidenta Reynolds, pero su intento es infructuoso al ver, por la mira, que Michael se acerca a ella y es detenido.
Kellerman amargado por todo lo que ha pasado intenta suicidarse pero su arma se atora y entonces decide llamar a su hermana Kristine.
Aunque ahora cambió y lucha por una buena causa, las atrocidades que él cometió en su pasado no han desaparecido, como la viuda de su compañero anterior, Daniel Hale, que se acerca a Kellerman, hablándole de su esposo y escupiéndole a la cara cuando él le contesta.
Kellerman no reaccionó visiblemente, pero subió en su limousine, mostrándose muy arrepentido de lo que había hecho en su pasado.
Paul Kellerman es atracado en su casa por T-Bag cuando entran los complices de Poseidon y le disparan dos veces en el pecho y una en la cabeza A lo largo de la serie Kellerman es pintado como alguien que cree en lo que está haciendo.
En la cuarta temporada, él vuelve como una persona importante para exonerar a cada miembro del equipo de Don Self, salvo T-bag.
Luego se convierte en un diputado de gran influencia, y aparentemente lucha contra la corrupción en el gobierno, siendo completamente casi lo contrario a cuando empezó la serie.