Mahone hace todo lo posible para cumplir su objetivo y así volver con su familia.

Mahone estudia a su enemigo, Michael Scofield y descubre muchos de sus secretos ocultos en el tatuaje, el plan de huida a Panamá y mucho más.

Al final de esta temporada Alexander Mahone es encarcelado en una cárcel en Panamá llamada Sona, junto con Brad Bellick, T-Bag y Michael Scofield.

Sin embargo, su juicio se demorará más de un año, según le informa el abogado que le es asignado, por lo que comienza a buscar la forma de escapar.

Él acepta, y al no haber tomado los calmantes, pierde la calma frente al Juez, y falla en contra de él, lo que lo obliga volver a Sona.