El personaje aparece primero en el piloto de la serie, como un hombre que organiza un robo de un banco para ser enviado a la prisión dónde esta su hermano mayor, Lincoln Burrows que está preso hasta su ejecución.

Cuando se cree que la madre de Michael y Lincoln murió debido a un tumor en el cerebro, por haber perdido a ambos padres Michael pasó su infancia bajo el cuidado de su hermano.

Por ser huérfano, toda su vida la vivió en adopción, pero nunca tuvo un hogar estable, ya que Lincoln siempre se metía en problemas.

Terminó con un expediente impecable sus estudios en el Instituto Morton East de Toledo (Ohio).

Se licenció como Magna Cum Laude en Ciencias e hizo un Máster en Ingeniería Estructural por la Universidad de Loyola en Chicago.

Acudió a un psicólogo durante su adolescencia, que le diagnosticó "baja inhibición latente".

Esto, combinado con una alta inteligencia y buena memoria conduce a una creatividad excepcional.

La escena premier de la serie refleja a Michael preparando lo que será el final del plan para infiltrarse en Fox River, su tatuaje.

Sara decide ayudar a Michael dejando la puerta de la enfermería abierta en la noche del escape.

En la segunda temporada, la fuga continúa pero ahora fuera de la cárcel, Michael, Lincoln y los otros convictos intentan evadir a las autoridades.

Tras no poder abordar el avión que John Abruzzi tenía preparado para salir del país.

Una vez allí los hermanos se reencuentran con otros de los convictos: Sucre y C-Note (Rockmond Dunbar), .

Sin embargo, Michael no recupera el dinero después de que T-Bag los engañó para quedarselo.

Michael continúa su plan para salir del país, y localizar a la gente que les resolvería un vuelo hasta México en "Bolshoi Booze".

Una vez allí en Bolshoi Booze Michael se reencuentra con Lincoln, Sucre y su padre Aldo Burrows.

Kellerman los lleva hasta donde está Terrence Steadman, el hombre que supuestamente fue asesinado por Lincoln.

Reynolds acepta las condiciones de Michael, pero la Compañía la chantajea y el plan vuelve a fallar.

Reynolds renuncia a la presidencia y con ello no pueden comprobar la inocencia de Lincoln.

Los hermanos se ven en la necesidad inmediata de salir del país, logran abordar un barco con destino a Panamá, donde Michael tiene todo preparado, pero Sara es arrestada por los federales.

Michael rescata a Lincoln y Mahone consigue lo que quería pero finalmente es arrestado por la policía de Panamá por llevar droga en el yate.

Whistler es descubierto por Bellick y atrapado por Mahone, Michael salva a Whistler de que Mahone lo mate al devolver el agua a la prisión y así ayudando al Lechero porque los reos se estaban amotinando contra el por falta de agua.

Michael corta la electricidad para poder salir al exterior y comprobar que la cerca no está electrificada.

Ahí se ve la última escena de la serie al ver a Scofield alejándose en un auto en busca de los culpables dejando abierto el final y dando pie a una nueva temporada.

En este momento entra en juego un nuevo enemigo, que resulta ser Christina Scofield, la madre de Michael y Lincoln.

Vuelven a ser inculpados por un asesinato mientras, Christina aprovecha para vender Scylla y con ello, provocar un conflicto internacional que podría convertirse en la III Guerra Mundial.

Posteriormente, persiguen a Cristina, presionados por Kranz y recuperan el dispositivo, pero durante la huida, Lincoln es atrapado por Cristina y acaba siendo disparado por esta, provocándole una hemorragia que acabara con su vida en horas.

Hasta que el hombre traicionó a Michael y se casó con su exmujer, Sara.