A fin de recibir facultades legales que le posibilitaran tal labor, instigó a que se reunieran dos asambleas representativas en el Perú, por cada una de las grandes divisiones que impuso en dicha nación: el Sur y el Norte peruanos; otra asamblea o congreso se reuniría en Bolivia para igual fin.

La asamblea de los departamentos del sur del Perú (Cuzco, Arequipa, Ayacucho y Puno), reunida en Sicuani, creó el Estado Sud-Peruano y designó como su Supremo Protector a Santa Cruz (marzo de 1836).

Unos meses después se reunió la asamblea de los departamentos del norte (Amazonas, Lima, La Libertad y Junín) en Huaura (agosto de 1836), que acordó la creación del Estado Nor-Peruano, otorgando igualmente el poder político a Santa Cruz como Supremo Protector.

El proyecto contenido en dicho documento había sido convenido previamente entre los plenipotenciarios bolivianos Aguirre y Buitrago, el vicepresidente de Bolivia Mariano Enrique Calvo Cuellar, y especialmente el mismo Santa Cruz, que viajó a La Paz para tal fin.

Pero la guerra desatada por Chile y los emigrados peruanos contra la Confederación impidieron la reunión de esa nueva asamblea.