Sus grabaciones discográficas (principalmente aquellas en las que dirige a la Orquesta Filarmónica Checa) tiene gran prestigio y fueron distinguidas con numerosos premios.
Su padre, Leopold, era un gran productor de vinos y bebidas alcohólicas.
Comienza también a dirigir la Orquesta Filarmónica Checa de Václav Talich.
Al principio de la Segunda Guerra Mundial los nazis clausuraron el Teatro Libre por considerarlo demasiado vanguardista.
En la película propagandística El Führer ofrece una ciudad a los judíos: se está tan bien en Theresienstadt se ve cómo Ančerl dirige a instrumentistas y cantantes, supuestos compañeros suyos: en realidad, eran actores en decorados.
Sus interpretaciones del repertorio checo son de absoluta referencia, en particular sus discos dedicados a Martinů y Janáček.