Terminaron colistas, pero al año siguiente retornaron a la Primera División de Bélgica.
Tras dos años en Segunda División, Waterschei se fusionó con el KFC Winterslag para formar al KRC Genk.
El nuevo club se llamó KRC Genk y mantuvo el ranking de Winterslag, comenzando su andadura en Primera División pero acabó colista.
Al año siguiente, Genk logró ganar la ronda final en Segunda división y luego jugó 4 temporadas en la élite.
Genk jugó en la UEFA Champions League en 1999–00 pero perdió en la segunda ronda de clasificación ante el Maribor esloveno.
La temporada se salvó al volver a ganar la Copa de Bélgica, esta vez ante Standard, pero Genk acabó el campeonato en novena posición.
Después de esta mala racha, Genk logró ganar otra vez la liga en la temporada 2001-02.
Aunque quedaron 4º, impresionó a la afición con empates ante Real Madrid, AS Roma y AEK Atenas.
Los limburgueses habían sido líderes casi toda la temporada, pero Anderlecht los superó en las últimas jornadas.
Genk terminó la temporada 2007-08 con 45 puntos y en el décimo lugar de la liga: su peor resultado en siete años.
La temporada terminó con una nota positiva con ellos ganando la Copa de Bélgica , lo que les dio una plaza para la Europa League.
Solo perdieron su primer partido de la temporada en la vigésima jornada y empezaron las eliminatorias en segundo lugar.
El club ganó la Pro League belga 2010-11 después de empatar 1-1 con Standard Liége.
En los play-offs, sin embargo, Genk comenzó a jugar mejor y subió al tercer lugar.
Era la primera vez en la historia del club que jugaban al fútbol europeo después de Navidad.
Leyenda: IC: Copa Intertoto / EC2: Recopa de Europa / CL: Champions League / UC: Copa UEFA / EL: Europa League Entrenador(es) Thorsten FinkAdjunto(s) Domenico Olivieri Przemyslaw Lagozny Sebastian HahnEntrenador(es) de porteros Guy Martens