Hizo su debut profesional con el club en 1989 y ganó el título de la Liga danesa el mismo año.

[1]​ Tanto en 1991 como en 1993, Thorup también formó parte del equipo que ganó la Copa de Dinamarca.

Regresó a Dinamarca en el verano de 1998[4]​ y jugó en el Esbjerg fB hasta 2005.

Luego firmó con HamKam[5]​ en Noruega, antes de regresar a Esbjerg, donde se retiró en 2006.

Luego, Thorup fue elegido Entrenador de fútbol danés del año en 2013.

[22]​ La última plaza que quedó vacante fue ocupada por el Gent como primer club no clasificado, por lo que el Gent se clasificó para la UEFA Europa League y jugó su primer partido en la segunda ronda de clasificación contra el Viitorul Constanța.

En su primera temporada como entrenador de Copenhague, guio al club a un tercer puesto en la Superliga danesa.

[32]​ Esto significó que el club participara en la temporada inaugural de la UEFA Conference League, y Thorup llevó a su equipo a los octavos de final, en los que fueron derrotados por el PSV Eindhoven.

Copenhague anunció que el club había cesado a Thorup como entrenador debido al mal comienzo de la temporada en la Superliga.