[12] Tras el caos vivido por los gobiernos internos posteriores a la caída del general Melo, y con la llegada al poder de los conservadores, Trujillo se retiró de la política para dedicarse a sus negocios privados.Sin embargo tuvo que tomar las armas cuando hubo alzamientos en Cauca, Bolívar y Magdalena, contra del presidente conservador Mariano Ospina Rodríguez, los cuales provocaron que el procurador general Bartolomé Calvo asumiera el poder.El ejecutivo plural nombró a Trujillo como secretario provisional de gobierno.A finales del gobierno Mosquera, el presidente lo ascendió al grado de general.Sofocada la rebelión conservadora, Trujillo volvió a ocupar su cargo de superintendente en Buenaventura.Efectivamente se dio un levantamiento en su departamento, pero logró desescalarlo con la mediación ante el presidente Acosta en Bogotá.[9] Además Trujillo se dedicó a fortalecerse internamente en lugar de buscar un conflicto con el gobierno federal.[8] La coalición no pudo vencer al liberal radical Santiago Pérez Manosalva, quien era apoyado por el expresidente Murillo, y fue elegido presidente.Sus victorias en la guerra consolidaron su ascenso como líder político, ya que los liberales radicales leales al presidente y los conservadores acudieron a él como árbitro para dirimir sus conflictos, recibiéndolos personalmente en su hacienda Las Cañas.Finalizada la guerra, el general Trujillo se hizo conocido como un importante líder del Partido Liberal[16], logrando posicionar a sus aliados en cargos importantes del gobierno, incluyendo al joven abogado José María Quijano Wallis, protegido de su tío Froilán.[8] Sus posturas cada vez más moderadas lo acercaron a los conservadores, por lo que los historiadores le atribuyen a Trujillo el haber permitido el ascenso de los conservadores, y con ello la implantación de las medidas regresivas, conocidas como La Regeneración.También ejerció influencia en el nuevo gobierno, logrando que Núñez incluyera en su gabinete cuotas suyas como Eliseo Payán Hurtado y Emigdio Palau.[8][16] En 1882 Trujillo fue elegido senador de la república, y ese mismo año apoyó la candidatura presidencial del liberal Francisco Javier Zaldúa (primo del expresidente Pedro Alcántara Herrán), iniciando contactos con los líderes radicales para crear un grupo conocido como Unión Liberal.Juilán era miembro de la influyente familia Largacha, que gracias a sus conexiones políticas logró relevancia nacional.Además, Froilán ejerció la tutela de Julián, como ya se vio anteriormente.El general Trujillo Largacha se casó con Dolores Carvajal y Espinosa, con quien tuvo 7 hijosː Dolores, Pedro, Concepción, Beatriz, Manuel José, Julián y Guillermo Trujillo Carvajal.La facción rival era la de los radicales o gólgotas, que llegó a encabezar el médico e influyente caudillo, Manuel Murillo Toro, representante a su vez de la mayoría del Partido Liberal.Por ésta razón Trujillo llegó a perder las elecciones de 1872 y 1874, ambas frente al sector radical.
