En 1602, el rey Felipe III lo nombró virrey de Valencia y, así, llegó a ser al mismo tiempo jefe religioso y jefe civil.
Celebró siete sínodos o reuniones con todos los párrocos.
Fundó el Real Colegio Seminario del Corpus Christi, conocido entre los valencianos con el nombre de El Patriarca, cuyo cometido principal era la formación de sacerdotes según el espíritu y las disposiciones del Concilio de Trento, tal y como recoge el mismo fundador en las constituciones.
Se convirtió así en un ejemplo de la Contrarreforma en Valencia.
San Pío V, el promotor de la Contrarreforma, lo llamó, cuando Ribera tenía unos cuarenta años, lumen totius Hispaniae (lumbrera de toda España).