Pasó los primeros seis años de su vida en Fuenterrabía, su ciudad natal, aunque más tarde se trasladó con su padre a Lerma donde recibió una sólida formación.

[1]​ Aunque se desconoce cuándo empezó a ser sacerdote, aparece recién acabados sus estudios como capellán del emperador Carlos V, al que acompañó durante una década, hasta que fue declarado como obispo de Oviedo el 8 de octubre de 1546.

Simpatizando con los jesuitas, pidió a Ignacio de Loyola que se instalara en su diócesis.

En Córdoba encontró gran oposición con los capitulares, que se negaban a perder derechos debido a la aplicación de los decretos del Concilio de Trento.

Cristóbal de Rojas no se amedrentó y encarceló a algunos clérigos, aunque finalmente se llegó a un acuerdo.