Pudo haber cursado su formación en dicha comarca o en la ciudad de Aquisgrán.La zona comprendida entre el Mosa y el Rin tenía una gran tradición orfebre que se remontaba al Medievo.[5] Los artesanos afincados en una ciudad aceptaban encargos del resto de España, llegando incluso a fijar su residencia durante tiempos prolongados en otros lugares.[6] En 1563 nació su única hija, Germana, que en 1596 se casó con el platero Lesmes Fernández del Moral.Aunque la pieza está fechada y firmada, su autenticidad ha sido puesta en duda.Esta custodia tiene seis cuerpos, donde se alternan bases exagonales y circulares.[12] En 1579 se trasladó a Sevilla, donde tenía su casa junto al colegio de San Miguel.[15] La iconografía que decora la custodia fue diseñada por el canónigo Francisco Pacheco,[15] tío del pintor homónimo.En el primer y el segundo cuerpo hay figuras de los apóstoles orientados hacia el interior.[16] La custodia ha sido reformada ligeramente en algunas ocasiones, siendo la más destacable de ellas la que tuvo lugar en 1668.La Eucaristía iba originalmente en el segundo cuerpo y hoy se sitúa en el primero.Esta custodia fue destruida en la invasión francesa de principios del siglo XIX.[20] Se le ha atribuido un relicario con los restos de santa Casilda para la catedral burgalesa.[21] En 1592 reformó la cruz que había realizado Juan de Horna en 1537 para esta catedral.[14] También en la misma catedral hay una atribución dudosa, que es el aguamanil pontifical realizado en torno a 1597-1598.[14] Entre 1594 y 1597 realizó, junto con su yerno Lermes, una custodia portátil diseñada para colocarse sobre un cáliz.Su primer trabajo fue repasar unos grupos escultóricos del monasterio de El Escorial realizados por Pompeo Leoni.[24] Entre 1596 y 1599 realizó diversos trabajos en los sepulcros reales del monasterio de El Escorial.[14] En 1599 realizó un aguamanil con su correspondiente fuente para Felipe II, aunque no se conservan.[14] Entre 1602 y 1603 realizó un modelo de cera para la tumba del cardenal-arzobispo de Toledo, aunque este proyecto no se realizó y tampoco se conserva este modelo.Es posible que poseyera la versión latina del tratado sobre las proporciones de Durero.Por lo tanto, lo cita en el Libro Segundo, junto a la obra escultórica de Pomponio Gaurico.También en este tratado, Arfe critica los excesos decorativos de la arquitectura manierista.El libro segundo de esta obra trata Gnomónica,[27] es decir, los relojes solares.
Custodia de la catedral de Sevilla.
Estatua del arzobispo Cristóbal Rojas en la colegiata de Lerma.
Placa de bronce dedicada a Juan de Arfe en la plaza del Cabildo de Sevilla.
