[6]​ Juan Álvarez de Toledo realizó durante el siglo XVI la denominada galería del obispo.

[6]​ La mayor transformación hasta la fecha fue dada por el obispo Diego de Mardones durante el siglo XVII, quien actuó en gran medida en la zona oriental del mismo.

Asimismo, construyó las torres norte (4,95 metros) y sur (4,88 metros) que dan un aire majestuoso desde el exterior y se convirtieron en símbolo del palacio, así como la portada principal, que muestra a ambos lados el escudo del religioso.

Para realizar todas estas actuaciones en la fachada, el clérigo destruyó en 1617 el antiguo sabat del califa cordobés al-Hakam II, un puente-pasadizo que unía el antiguo Alcázar andalusí con la parte más sagrada en el interior de la Mezquita para uso exclusivo del califa.

La primera y segunda plantas también estaban realizadas a modo de galería, aunque en el siglo XVIII se ciegan con ventanas.

[6]​ Baltasar Yusta y Navarro fue el encargado de realizar las escaleras que dirigían al Salón del Trono, pudiendo datar las mismas de 1782 y cuya fábrica se adjudica a Miguel Verdiguier.

Ventura construyó una crujía al sur del patio de Recibo, realizando el acceso por la calle Amador de los Ríos, finalizando las obras en 1803, cuando Agustín Ayestarán y Landa era el nuevo obispo e instalando su escudo en esta entrada.

Posteriormente, en el siglo XX, se realizaron las vidrieras de la escalera barroca, un nuevo acceso desde la fachada oriental al patio central junto a su cancela de hierro y la nueva fuente que preside el patio.

Este hecho, unido a algunas excavaciones que habían probado la existencia de restos arqueológicos del antiguo Alcázar andalusí, llevaron al Ayuntamiento de Córdoba a expropiar parcialmente el complejo en 1972, aunque los límites no quedaron definitivamente especificados hasta 1994.

El Ayuntamiento restauró su parte proporcional para destinarla a uso cultural, cuyas obras, realizadas por el arquitecto Carlos Luca de Tena, tuvieron lugar entre 1980 y 1984 para destinarla a Biblioteca Provincial de Córdoba.

[3]​ Durante estas obras se descubrió una letrina del antiguo Alcázar andalusí, que quedaron integrados en la nueva sala.

[9]​ El obispo José Antonio Infantes Florido mandó transformar la zona palaciega del palacio en Museo Diocesano en 1980, debido a que la residencia del obispo desde hace décadas se ubica en el Seminario de San Pelagio.