Cuando esta legión fue despedida en 1787, ingresó como teniente en un regimiento de artillería que aún servía a las Provincias Unidas desde 1787 hasta 1790.Este puesto le valió para adquirir valiosas relaciones, entre ellas la de Napoleón Bonaparte.Tras la ocupación de Madrid, Dupont, recientemente nombrado conde por Napoleón, fue enviado a someter Andalucía.Perseguido y aislado por los españoles del general Castaños, tiene que dejar Córdoba y sus tropas fueron derrotadas en la Batalla de Bailén, donde se vio obligado a capitular, asumiendo la histórica primera derrota de un ejército Napoleónico en tierra firme.La participación de Dupont en diferentes campañas militares y el éxito obtenido en ellas le hizo ser reconocido por Napoleón como uno de sus grandes generales, pero tras la derrota de Bailén, Dupont expió amargamente el desastre; culpado por Napoleón fue encarcelado a su llegada a Francia junto a otros generales vencidos y sus causas se sometieron al dictamen de una Comisión especial, nombrada al efecto.Durante estas diversas legislaturas se sentó en el centro izquierda entre los constitucionalistas.
