Estas diferencias entre ambos capitanes y el incidente ocurrido cuando Maldonado detiene a Rodríguez Suárez, dividirá durante muchos años a los pobladores de la ciudad Mérida en dos bandos rivales, que se enfrentarán políticamente por varias décadas y generaciones.
Con este nombramiento, ve el cielo abierto para proseguir y culminar su carrera militar.
Sin enfrentamiento, arrestan al fundador y lo remiten a la Real Audiencia de Santa Fe.
Los evadidos escaparon y buscaron refugio en Trujillo (Venezuela), que por entonces pertenecía a la Real Audiencia de Santo Domingo.
Después de este incidente, Rodríguez Suárez se quedó en Trujillo y enseguida encontró acomodo en las milicias locales que aspiraban a conquistar y poblar la comarca de los indios “caracas”.
Pero el cacique y sus guerreros, al ver las minas sin protección, una noche atacó las instalaciones, incendiándolas y pasando a cuchillo a todos los que se encontraban en ellas, incluyendo tres hijos de corta edad de Rodríguez Suárez.
Solamente pudo salvarse un indio de servicio que alcanzándolo, le dio la noticia.
Acomodaron lo que estaba destruido y, para imponer respeto a los indígenas, decidieron la creación de una ciudad.
Así nacía el primitivo asiento de Caracas, la futura capital venezolana.
Rodríguez Suárez le salió al encuentro con varios soldados para emboscarlos y terminar con los insurrectos, pero los aborígenes que le seguían los pasos, los cercaron y, después de tres días de lucha, dieron muerte a Rodríguez Suárez y a sus acompañantes a finales de septiembre del citado año.