En 1869 fue preso por conspriar en favor da la causa de Don Carlos en Corella (Navarra) y conducido sucesivamente a las cárceles de Tudela, Caparroso, Logroño y Calahorra.
Poco después emigró a Francia con Don Carlos de Borbón, quien antes le elevó al generalato.
Ofreció de nuevo sus servicios a Don Carlos, quien le recomendó permaneciese a la expectativa de los sucesos, y al entrar en España fue preso en Logroño como desertor.
[4] Al producirse la escisión mellista en 1919, Pérez Nájera permaneció leal a Don Jaime y publicó en Madrid un semanario jaimista titulado El Alerta.
[6][7] Durante la Segunda República, el General Pérez Nájera formó parte del sector cruzadista del tradicionalismo, reuniéndose en Madrid en torno a su figura lectores y colaboradores del semanario El Cruzado Español como el Dr. Comas, Casariego y Gaztañaga, que colaboraban y compartían amistad con los militantes de las Juntas de Ofensiva Nacional-Sindicalista dirigidas por Ramiro Ledesma Ramos.