Pero ganado ya por las ideas liberales, se involucró en la conspiración que los patriotas cusqueños, encabezados por los hermanos Angulo, tramaban en la ciudad imperial.

Cuatro días después, se produjo una sorpresiva explosión del polvorín del cuartel en la que murieron varios soldados cuzqueños, suceso fortuito que fue achacado a los realistas y originó una sangrienta represalia contra la población española y criolla, que a Pinelo le fue imposible detener.

Al día siguiente entró Ramírez en la arruinada ciudad de La Paz, donde fueron ejecutados 108 patriotas.

Los revolucionarios cuzqueños sobrevivientes, con Pinelo y Muñecas a la cabeza, retrocedieron hasta Puno, donde se unieron a las fuerzas de Pumacahua, siendo finalmente derrotados en la batalla de Umachiri.

Durante más de diez años, Pinelo permaneció oculto en el Cuzco.