[6] Las fuerzas de Juan fueron derrotadas por Teodoro cuando intentaron tomar Adrianópolis ese mismo año.[11] Juan III promovió el aislamiento de la Constantinopla latina haciendo pactos con los líderes occidentales.[1] Su padre, Basilio Ducas Vatatzés, había desempeñado el cargo de doméstico del Oriente.[5] En 1212, el emperador dispuso que se casara con su hija Irene, y como no tenía otro heredero adulto, designó a Vatatzés como su sucesor.[23] Al mismo tiempo, Vatatzés construyó una fuerte flota que, desde su base en el Helesponto, lanzó sus operaciones navales capturando las islas de Lesbos, Quíos, Samos e Icaria, y luego en 1232-1233, Vatatzés obligó al gobernante de Rodas, León Gabalas, a reconocer los derechos soberanos del emperador sobre la isla.Sus tropas capturaron varias ciudades costeras y entraron en Adrianópolis, a petición de sus habitantes.[9] Pero las fuerzas de Teodoro Comneno Ducas —que había sido coronado emperador en Tesalónica en 1225— pronto llegaron, y las tropas nicenas fueron obligadas a retirarse.[27] En 1251, sin embargo, Miguel II canceló la alianza y actuó agresivamente contra las posesiones nicenas en Macedonia, con el objetivo de capturar Tesalónica.[28] Miguel II fue obligado a capitular y firmar un tratado de paz en Larisa.[26] Inicialmente Iván Asen II y Juan Vatatzés estaban en lados opuestos, cada uno tratando de capturar Constantinopla por sí mismo.[12] Federico apoyó los esfuerzos bizantinos para capturar Constantinopla y en 1236 canceló la cruzada que el papa Gregorio IX había organizado contra Vatatzés, a causa de las hostilidades de Juan III contra los latinos.[12] Juan Vatatzés a su vez se puso del lado de Federico en su conflicto con el papa.[34] Ambas partes estaban dispuestas a hacer algunas concesiones con el fin de lograr sus objetivos.[36] En 1234, los delegados de las dos iglesias se reunieron por primera vez en Nicea y luego en Ninfeo.[39] Finalmente las negociaciones llegaron a un punto muerto, pues el papa no estaba de acuerdo con la condición establecida por Juan Vatatzés, es decir, que no se enviaran refuerzos a los latinos de Constantinopla.[14] Sin embargo, los acontecimientos políticos y el desacuerdo del patriarca en cuestiones dogmáticas retrasaron las negociaciones.[41] En 1244 fueron derrotados y se convirtieron en tributarios, sin embargo, los mongoles dejaron Asia Menor de forma inesperada.[44] El Sultanato de Rüm, debido a que estaba destruido, no pudo ser considerado más una seria amenaza, ya que se enfrentaba una grave escasez de alimentos, y se vio obligada a importar sus necesidades desde Nicea con precios bastante altos.[46] El emperador prestó especial atención al desarrollo social y, principalmente, a los asuntos económicos.Realizó un censo y otorgó a cada sujeto del imperio una parcela de tierra.[50] Hacia el final de su administración, también requisó los bienes muebles e inmuebles pertenecientes a los grandes terratenientes y la nobleza, lo que provocó su descontento.[50] Estas medidas fortalecieron la economía del imperio y el estado fue mucho más fuerte que en la época Comnena.[46] En 1228 emitió un novellae con el que prohibía la interferencia de las autoridades políticas en la sucesión eclesiástica.[46] Juan Vatatzés hizo un esfuerzo especial para construir el ejército del país, cuyo núcleo seguía estando compuesto por mercenarios, principalmente latinos organizados en los Latinikon.[53] Los mercenarios cumanos, que son referidos generalmente como «escitas» por los bizantinos, formaron los llamados Skythikon.[55][56] Juan Vatatzés, a pesar de sus constantes e intensos compromisos militares y diplomáticos, vio las necesidades intelectuales del imperio.[16] Jorge Acropolita menciona que el pueblo vio a la construcción de un templo en su honor en Ninfeo, y que su culto como a un santo se extendió rápidamente al pueblo del oeste de Asia Menor.[16] El culto al santo emperador sobrevivió hasta los años modernos, principalmente en la metrópoli de Éfeso.[3] Juan III Ducas Vatatzés se casó primero con Irene Láscarina, la hija de su predecesor Teodoro I Láscaris en 1212.[64] Se retiró a un convento, tomando el nombre monástico de Eugenia, y murió en 1239.
