Sucedió a su padre, Alberto II, como margrave de Brandeburgo-Ansbach en 1667.
Juan Federico se educó en las universidades de Estrasburgo y Ginebra, y luego realizó su gran gira por Francia, entre otros países.
Cuando alcanzó la edad legal en 1672, asumió el gobierno en Brandeburgo-Ansbach.
Juan Federico fue considerado un príncipe tolerante y amable, pero no era muy ambicioso y se hizo dependiente de los consejeros.
Sus inclinaciones musicales, especialmente hacia la ópera y el ballet, así como su pasión por el esplendor causaron problemas financieros.