Era el hijo mayor del príncipe Carlos Guillermo de Anhalt-Zerbst y de su esposa, Sofía, hija del duque Augusto de Sajonia-Weissenfels.
En 1718, tras la muerte de su padre, Juan Augusto lo sucedió como príncipe de Anhalt-Zerbst.
Esta unión tampoco tuvo descendencia.
En tanto que Juan Augusto murió sin descendientes, la línea mayor de Anhalt-Zerbst quedó extinta.
A su muerte, fue sucedido por sus primos lejanos, los príncipes de Anhalt-Dornburg.