Es también un ancestro del actual duque de Edimburgo.

La inestabilidad política causada por la guerra durante la guerra de los Treinta Años provocó que Juan recibiera su educación en Zerbst, Coswig y Wittenberg en varios periodos.

Inmediatamente después de que llegara a la edad adulta y formalmente asumiera el gobierno de su estado, hizo del luteranismo la religión oficial en Zerbst.

En 1642 su tío, Luis de Anhalt-Köthen, lo admitió en la Sociedad Fructífera conjuntamente con el Hofrat Konrad Balthasar Pichtel y el Hofjunker Joachim von Boeselager.

Como emblema le fue reservada la flor del Tropaeolaceae.